Menu

Vezető: Dr. Szalai Csaba, egyetemi tanár, az MTA doktora


A munkacsoportról

A csoport kutatási témái

Gyermekkori tumorokra való hajlam genetikai és a kezelésekre adott válasz farmakogenetikai vizsgálata

A Genetikai Sejt és Immunbiológiai Intézetben 626 akut limfoid leukémiás, 93osteosarcomás, 70 heretumoros és több száz egészséges kontroll DNS mintái találhatók. Minden betegtől rengeteg klinikai és laboratóriumi adat áll rendelkezésre, végigkövetve a betegeket a diagnózistól a kezeléseken át, a betegség végkifejletéig. Az adatbankban szerepelnek többek között az egyes gyógyszerszintek, mellékhatások (szív és érrendszeri, idegrendszeri stb.) ill. egyes mellékhatásoknál több éves nyomon követési adatok. Ismert, hogy a gyógyszerekre való reagálást nagymértékben befolyásolják a gyógyszerek metabolizmusában, transzportjában, célmolekuláiban található gének polimorfizmusai. Módosíthatják a megfelelő válaszhoz szükséges optimális gyógyszerszintet, illetve komoly szerepet játszanak a mellékhatások kialakulásában. Kutatásainkban azt vizsgáljuk, hogy fent említett gének polimorfizmusai és az adatbankban szereplő paraméterek között milyen összefüggések vannak, azaz melyik polimorfizmus befolyásolja szignifikánsan a kezelésekre adott válaszokat és a betegség lefolyását. Az egyik ilyen nagy géncsalád az adenosine triphosphate binding casette (ABC) transzporter szupercsalád. Közöttük több olyan gén ismert, melyek a daganatsejtekben is expresszálódnak és fontos szerepet játszanak a kemoterápiában alkalmazott szerek sejtmembránon át való szállításában. Ezek közül legismertebb a multi-drog rezisztencia 1 gén (MDR1, vagy ABCB1) és az ABCG2 gén, de számos más, ezekben a folyamatokban jelentős gén tartozik ide. A kemoterápiás kezelésre adott válaszban szintén fontos szerepet játszanak a citokróm p450 géncsalád, illetve gyógyszerek metabolizmusában szereplő egyéb enzimek génvariációi is. Vizsgálatainkkal az olyan farmakogenetikai eredményekhez szeretnénk hozzájárulni, melyek lehetővé teszik a személyre szabott terápiát. Ekkor az optimális terápia megállapításánál a betegek genotípusát is figyelembe tudják venni, ezáltal megnő a sikeres kezelés esélye, és csökkenhetnek a mellékhatások is (személyreszabott terápia).

Ezen a populáción végzett másik kutatási témánk a fent említett tumorok kialakulására való öröklődő hajlam vizsgálata. Ismert, hogy egyes családokban bizonyos tumorok halmozottan fordulnak elő, ami arra utal, hogy a betegség kialakulására való hajlamnak van genetikai összetevője is. Ebben a fent említett gének is szerepet játszanak, hiszen ezek a mutációt okozó mérgek (pl. xenobiotikumok) transzportjában is szerepet játszanak. Ezeken kívül ide tartoznak olyan gének polimorfizmusai is, mint a fólsav anyagcserében szereplő MTHFR, vagy a redox rendszer génjei, például a glutation transzferázok.

 

Asztma genomikai vizsgálata humán minták és állatmodellek segítségével

Az asztma genetika kutatócsoport 1999 óta foglalkozik az asztma genetikai hátterével és kialakulásában szerepet játszó molekuláris biológiai eltérések vizsgálatával humán mintákon és állatmodellek segítségével. Ezekben a vizsgálatokban számos asztmával kapcsolatos gént, genetikai variációt és anyagcsereutat sikerült igazolni.

2006 óta az Egyetem Genetikai Sejt és Immunbiológiai Intézetében található infrastruktúra alkalmas ismert SNP-k nagy volumenű elemzésére, populációgenetikai vizsgálatára, valamint az SNP adatok validálását is célzó génexpressziós analízis elvégzésére. Az intézetben jelenleg Magyarország legnagyobb asztma-allergia biobankja található, amely 425 asztmás, 304allergiás, de nem asztmás és 500 egészséges gyermektől származó DNS-ből és klinikai, laboratóriumi adatokból áll.

Célkitűzéseink között szerepel az asztma kialakulásával összefüggést mutató genomrégiók feltérképezése, a talált polimorfizmusok genotipizálása a rendelkezésünkre álló asztma-allergia biobank segítségével. Célunk továbbá a meglévő biobankunk folyamatos frissítése, külföldi biobankok anyagának tanulmányunkba való bevonása. Az általunk már korábban karakterizált 11q13 régión kívül további - az asztmával asszociációt mutató - genomrégiókat (14q22, 17q12-21) is bevonunk a vizsgálatainkba. A régiókban a vizsgálandóSNP-ket, a csoport által kifejlesztett SNP kereső és osztályozó szoftver segítségével válogatjuk ki. Tervünk továbbá válogatott kandidáns (jelölt) gének polimorfizmusainak genotipizálása is. A kandidáns gének kiválasztása irodalmi adatok, valamint állatkísérleteink eredményei alapján történik.

Az intézetben kifejlesztésre került egy asztma állatmodell, mellyel korábban az egér allergiás légúti gyulladásához vezető kórfolyamatban a tüdőgénexpressziós változásának nyomon követése történt 4 időpontban Agilent44k chip segítségével. Itt számos olyan új, eddig asztmával kapcsolatban nem vizsgált gént sikerült azonosítani, mely expressziója szignifikánsan változott a folyamat során. Ezek közül jelenleg a paraoxonáz 1 (PON1) gén vizsgálata zajlik. A humán polimorfizmus vizsgálatok, illetve az állatkísérletek eredményei alapján kiválasztott gének, illetve termékeik szerepét további rendszereken vizsgáljuk. Ezzel kapcsolatban az egyik követett protokoll (jelenleg a PON1-t vizsgálata zajlik eszerint): (I) Gén kiválasztása az állatkísérletek eredményei alapján. Olyan géneket keresünk melynek expressziója jelentősen változik a betegség kialakulása során, valamint korábban mások még ebből a szempontból nem vizsgálták. (II) Bioinformatikai módszerekkel SNP-k azonosítása, melyek szerepét biobankunkon végzett asszociációs vizsgálattal tanulmányozzuk. (III) Gén szerepének vizsgálata humán mintákon. Itt a vizsgálatok a gén ismert, megismert, vagy feltételezett funkciója szerint történnek. Ilyen vizsgálatokat tervezünk: gén expressziója tüdőben (asztmás vs. nem asztmás), a kódolt fehérje expressziója tüdőben; ha a gén enzimet kódol (mint pl. a PON1), akkor aktivitása különböző eredetű mintákban; ezek változása pl. a szérumban a kezelés során; mi befolyásolja a gén és/vagy a fehérje funkcióját pl. betegség, dohányzás, életkor, gyógyszerek, kezelés stb.

A fent említett vizsgálatok segítségével azonosítani szeretnénk olyan géneket, illetve genetikai variációkat, amelyek szerepet játszhatnak az asztma patogenezisében, illetve az asztmára való hajlamban. Célkitűzéseink megvalósítása az asztma kialakulásának megértésén túl, új terápiás célpontok megismeréséhez is vezethet, ami hatékonyabb, sokrétűbb terápiás lehetőségek kidolgozását eredményezheti az orvosok és a betegek részére egyaránt.

 

Az elhízás genetikai vizsgálata

Napjainkban az elhízás népbetegség, egyes adatok szerint a magyar népesség 60%-a túlsúlyos, vagy elhízott. Az elhízás kialakulása után az életkor előrehaladtával különböző szövődmények, mint magas vérnyomás és 2-es típusú diabetes alakulhatnak ki. Az elhízás, az anyagcsere-folyamatok genetikai, központi idegrendszeri, endokrin és környezeti hatásokra létrejövő zavara, amely az energiaháztartás egyensúlyának módosulását okozza. Ez a folyamat a táplálékfelvétel növekedésében és/vagy az energia leadás csökkenésében nyilvánul meg, majd fokozott zsírraktározódáshoz vezet. A súlytartó fázisban a kövérség megtartása már kisebb energia bevitellel is lehetséges. Ebben a szakaszban is további szabályozási zavarok, társuló betegségek alakulhatnak ki. Elhízás során zsírszövet sejtjeinek nagysága és száma megnövekedik. Újabb ismereteink szerint a zsírszövet, főként a viscerális zsírszövet, nem csak az energiaraktározásért felelős, hanem kapcsolatban áll az immun- és a keringési rendszerrel is. A zsírsejtek számos anyag termelésére is képesek, amelyek széles körű szabályozó és metabolikus hatást fejtenek ki. Ezáltal a zsírszövet szerepet játszik a magas vérnyomás és az inzulinrezisztencia kialakulásában is.

A Genetikai, Sejt- és Immunbiológiai Intézetben 2007 óta folynak az elhízás genetikai hátterének megismerését célzó kutatások egyrészt egy NKTH pályázat keretein belül az Obekon konzorcium tagjaként, másrészt intézetiETT pályázat keretében. Vizsgálataink fókuszában az elhízás folyamatainak felderítése áll a DNS és transzkripciós szintű változások monitorozásával betegmintákon és állatmodelleken. A munka során meg kívánjuk határozni a folyamathoz kapcsolódó géneket, azok polimorf változatait, valamint az expressziós szintű molekuláris történéseken keresztül a résztvevő mechanizmusokat, molekuláris betegség „pathway"-eket. A párhuzamosan folyó SNP analízis vizsgálatok a részt vevő génekre utaló adatokon túl a kóros elhízás genetikai rizikó faktoraira is információt adnak.

 

Bioinformatikai eszközök fejlesztése

A Semmelweis Egyetem, Genetikai, Sejt- és Immunbiológiai Intézet (GSI) 2005 óta működik együtt a Budapesti Műszaki és Gazdaságtudományi Egyetem, Méréstechnika és Információs Rendszerek Tanszékével (MIT). A két tanszék munkatársai közösen olyan bioinformatikai eljárások kifejlesztésén dolgoznak, melyek felgyorsíthatják az Intézet betegség specifikus (pl. asztma, akut limfoid leukémia, gyermekkori tumor) genetikai kutatásait.

A MIT tanszéken fejlesztett bioinformatikai eljárások és alkalmazások szerepe kettős: egyik oldalról segítenek a genomikai laboratórium vizsgálatainak előzetes megtervezésében, hogy a rendelkezésre álló mintákon végzett vizsgálatok a lehető legkevesebb ráfordítással a legtöbb információt szolgáltassák. Másik oldalról szintén összetett bioinformatikai apparátust igényel az elvégzett genetikai vizsgálatok után előálló adathalmazok kiértékelése, illetve azok alapján a további genomikai laboratóriumi vizsgálatok tervezése.

Adott kezelések hatásmechanizmusát számottevően befolyásolják az egyéni genetikai háttérből eredő eltérések. A kezelések várható eredményességével összefüggő biomarkerek azonosítása a személyre szabott gyógyászathoz vezető út fontos mérföldköve lehet. A kezelésre adott válaszok eltérésének kutatásával esetenként genetikai eltérések olyan kombinációja azonosítható, melyek alapján újabb betegeknek adott kezelés és hatóanyag nagy biztossággal javasolható illetve ellenjavallható. Egy ilyen cél elérését rendkívül sok tényező befolyásolhatja: a kezelés hatásmechanizmusának előzetes ismerete, a hatásmechanizmus jellege és a vele kapcsolatban álló faktorok, a mintagyűjtési protokoll, a vizsgált biobank mérete és a mintákhoz rendelkezésre álló adatok jellege és tisztasága, a megfelelő genom szakaszok vizsgálata, a genomikai méréseket végző eszközök jellege és az előálló adatok pontossága, az adatokat kiértékelő statisztikai eljárások jellege. Míg az adott kezelés eltérő eredményeinek pontos értelmezése multifaktoriális betegségek esetén rendkívül bonyolult, addig a statisztikailag hatékony biomarkerek megtalálása sok esetben reális cél lehet. Ezzel kapcsolatos célunk annak vizsgálata, hogy mik azok a tényezők, amelyek mellett várhatóan találhatóak a betegek kezelés szerinti szegmentációját segítő biomarkerek, illetve mi az a bioinformatikai eszköztár és orvosbiológiai módszertan, melynek segítségével hatékonyan kereshetőek ilyen biomarkerek. Célunk elsősorban a SE GSI Intézet és BME MIT tanszék kutatócsoportja által is vizsgált betegségeket (asztma, akut limfoid leukémia) fogja alapul venni, de a cél általános módszertan és irányelvek megfogalmazása.

A kifejlesztett bioinformatikai módszerek a Bayes keretrendszeren alapulnak. A bayesi keretrendszer egy normatív módszert nyújt a tudás reprezentálására, a megfigyelésekből való tanulásra, valamint a hasznosság elmélet alkalmazásával az optimális döntések meghozatalára. Azon tulajdonsága, mely révén képes a heterogén a priori tudást beépíteni a statisztikai tanulásba, egy fontos összeköttetést teremt a statisztika és a tudásmérnökség között, mely végső soron a tudás-intenzív statisztika kialakulásához vezet. A bayesi keretrendszer emellett egy számítási keretrendszerként is szolgál a komplex valószínűségi modellek tanulásához és használatához azáltal, hogy lehetővé teszi különféle sztochasztikus szimulációk használatát, mely a számítás-intenzív statisztika megjelenését teszi lehetővé.

A bayesi többszintű (szintjei: páronkénti; többváltozós; interakciós; teljes kauzális domain modell) elemzési eljárás ígéretes, új, általános technika, amely hasznos megoldás lehet kis mintaméret és többszörös tesztelési problémák esetén. A bayesi eljárások már bevettnek számítanak a GAS területén. A bayesi módszereken belül a Bayes-hálóknak nagyobb számításigény mellett több előnyük is van, például (1) közvetlen asszociációk feltérképezése (2) hiányos adatok többváltozós kezelése, (3) változatos a priori tudáselemek befogadása és (4) oksági kapcsolatok és oki hatáserősség felderítése.

A bioinformatikai projektre NKTH pályázatot nyertünk, amelyben a Genagrid konzorcium részeként veszünk részt a kutatásokban (részletesebben ld. a Genagrid honlapján: http://www.genagrid.com/).

 

Együttműködő partnerek, kollaborációk

  • GENAGRID konzorcium:
    • Budapesti Műszaki és Gazdaságtudományi Egyetem Méréstechnikai és Információs Rendszerek Tanszék
    • MTA KFKI Részecske- és Magfizikai Kutatóintézet
    • Silicon Computers Számítógép Kereskedelmi Kft.
    • Csertex Kereskedelmi és Szolgáltató Kft.
  • Heim Pál Gyermekkórház
  • Semmelweis Egyetem Pulmonológiai Klinika
  • Semmelweis Egyetem I. sz. Gyermekklinika
  • Section of Cancer Genetics, Institute of Cancer Research, 15 Cotswold Rd, Sutton, Surrey SM2 5NG, UK

 

Jelenleg futó pályázatok

  • NKTH TECH_08-A1/2-2008-0120; Bioinformatikai szolgáltatás genetikai asszociációsvizsgálatokhoz nagyteljesítményű GRID-állomáson 2009-2012; 570.625 e Ft
  • OTKA K81941 Súlyos asthma pathogenezisének átfogó vizsgálata 35.946 eFt
  • OTKA K75782 Foghiányokat kísérő egyszerű nukleotid polimorfizmusok hypodontiában; 2008-2011; 19.796 eFt
  • OTKA K72689 Analysis of interactions between inflammatory and vasoregulatory pathways in chronic heart failure: application of logical analysis of data, a novel data-mining tool; 2008-2011; 54.000 eFt
  • OTKA K72385 A parodontitis kialakulásában feltehetően szerepet játszó gének polimorfizmusainak vizsgálata; 2008-2012; 25.374 eFt
  • ETT 415/2009  Asztma genomikai vizsgálata humán minták és állatmodellek segítségével; 2009-2011; 3.600 e Ft
  • ETT 464/2009 Humán zsírszövet génexpressziós (mRNS és microRNS) profilvizsgálata az elhízás szövődményeinek kialakulásának, vagy elmaradásának predikciója érdekében; 2009-2011; 3.000 e Ft

 

Tagok

Vezető:


  SzalaiC

Dr. Szalai Csaba, egyetemi tanár, az MTA doktora

Tagok:


  Semsei Agnes

Félné Dr. Semsei Ágnes, egyetemi tanársegéd

  Gezsi Andras

Gézsi András, tudományos munkatárs

  Vangor Monika

Sándorné Vángor Mónika, asszisztens

PhD hallgatók:


 

Publikációk

 

2014

 

2013

 

2012

  • A gyermekkori akut limfoid leukémia farmakogenetikája egy gyógyszermellékhatás példáján.
    Semsei A, Lautner-Csorba O, Kutszegi N, Schermann G, Eipel O, Falus A, Szalai C, Kovács GT, Erdélyi D.  
    MAGYAR TUDOMÁNY:(6) pp. 90-97. (2012)
  • Relationship between air pollution, NFE2L2 gene polymorphisms and childhood asthma in a Hungarian population. 
    Ungvári I, Hadadi É, Virág V, Nagy A, Kiss A, Kalmár Á, Zsigmond G, Semsei ÁF, Falus A, Szalai C.
    J Community Genet, 2012 Jan;3(1):25-33. Epub 2011 Dec 30. IF.: 1,538
  • Asthma endophenotypes and polymorphisms in the histamine receptor HRH4 gene. 
    Simon T, Semsei ÁF, Ungvári I, Hadadi É, Virág V, Nagy A, Vángor MS, László V, Szalai C, Falus A.
    Int Arch Allergy Immunol. 2012 May 30;159(2):109-120. IF.: 2,54
  • Implication of BIRC5 in asthma pathogenesis.
    Ungvári I, Hadadi É, Virág V, Bikov A, Nagy A, F. Semsei ÁF, Gálffy G, Tamási L, Horváth I, Szalai C.  
    Int Immunol, 2012 May;24(5):293-301. IF.: 3,301
  • Evaluation of a partial genome screening of two asthma susceptibility regions using Bayesian network based Bayesian multilevel analysis of relevance.
    Ungvári I, Hullám G, Antal P, Kiszel SP, Gézsi A, Hadadi É, Virág V, Hajós G, Millinghoffer A, Nagy A, Kiss A, Semsei ÁF, Temesi G, Melegh B, Kisfali P, Széll M, Bikov A, Gálffy G, Tamási L, Falus A, Szalai C.  
    PLoS One. 2012;7(3):e33573. Epub 2012 Mar 14. PubMed PMID: 22432035; PubMed Central PMCID: PMC3303848. IF.: 4,411
  • Non-synonymous single nucleotide polymorphisms in genes for immunoregulatory galectins: Association of galectin-8 (F19Y) occurrence with autoimmune diseases in a Caucasian population. 
    Pál Z, Antal P, Srivastava SK, Hullám G, Semsei AF, Gál J, Svébis M, Soós G, Szalai C, André S, Gordeeva E, Nagy G, Kaltner H, Bovin NV, Molnár MJ, Falus A,Gabius HJ, Buzás EI.
    Biochim Biophys Acta. 2012 Jun 7;1820(10):1512-1518. IF.: 4,663
  • Candidate gene association study in pediatric acute lymphoblastic leukemia evaluated by Bayesian network based Bayesian multilevel analysis of relevance. 
    Lautner-Csorba O, Gézsi A, Semsei AF, Antal P, Edélyi DJ, Schermann G, Kutszegi N, Csordás K, Hegyi M, Kovács G, Falus A, Szalai C.
    BMC Med Genomics. 2012 Sep 28;5(1):42. IF.: 3,69
  • ABCC1 polymorphisms in anthracycline induced cardiotoxicity in childhood acute lymphoblastic leukemia. 
    Semsei AF, Erdelyi DJ, Ungvari I, Csagoly E, Hegyi MZ, Kiszel PS, Lautner-Csorba O, Szabolcs J, Masat P, Fekete G, Falus A, Szalai C, Kovacs GT.
    Cell Biol Int. 2012; 36: 79-86. IF.: 1,747
  • Candidate Gene Association Study in Childhood Acute Lymphoblastic Leukemia
    Lautner-Csorba O, Semsei AF, Gezsi A, Kutszegi N, Falus A, Szalai C 
    European Journal of Cancer 2012: 48, S278
  • Genetic Risk Factors of Neurotoxicity During Chemotherapy
    Semsei A, Lautner-Csorba O, Schermann G, Kutszegi N, Falus A, Kovacs G, Szalai C  
    European Journal of Cancer 2012: 48, S236
  • Clinical relations of methotrexate pharmacokinetics in the treatment for pediatric osteosarcoma. 
    Hegyi M, Gulácsi A, Cságoly E, Csordás K, Eipel OT, Erdélyi DJ, Müller J, Nemes K, Lautner-Csorba O, Kovács GT.
    J Cancer Res Clin Oncol. 2012 Oct;138(10):1697-702.

 

2011

  • Teljes genom asszociációs vizsgálat. 
    Szalai C.
    Orvostovábbképző szemle. 2011;9:64-72.
  • A súlyos asztma hazai előfordulása és klinikai fenotipizálása. 
    Csoma Z, Antus B, Barta I, Szalai C, Strausz J, Kovács G, Herjavecz I.
    Medicina Thoracalis. 2011; LXIV (5): 299-311.
  • Rationale for an international consortium to study inherited genetic susceptibility to childhood acute lymphoblastic leukemia. 
    Sherborne AL, Hemminki K, Kumar R, Bartram CR, Stanulla M, Schrappe M, Petridou E, Semsei AF, Szalai C, Sinnett D, Krajinovic M, Healy J, Lanciotti M, Dufour C, Indaco S, El-Ghouroury EA, Sawangpanich R, Hongeng S, Pakakasama S, Gonzalez Neira A, Leal Ugarte E, Peralta Leal V, Meza Espinoza JP, Kamel AM, Radwan ER, Ebid GT, Yalin S, Yalin E, Berkoz M, Simpson J, Roman E, Lightfoot T,Hosking FJ, Vijayakrishnan J, Greaves M, Houlston R.
    Haematologica. 2011 Jul;96(7):1049-54. IF.: 6.416
  • Decision Making & Problem Soving-Acute Lymphoblastic Leukemia-Rationale for an international consortium to study inherited genetic susceptibility to childhood acute lymphoblastic leukemia
    Sherborne AL, Hemminki K, Kumar R, Bartram CR, Stanulla M, Schrappe E, Szalai C ...
    Haematologica-the Hematology Journal 2011: 96 (7), 1049
  • Clinical Importance of Methotrexate Pharmacokinetics and Pharmacogenetics in Pediatric Osteosarcoma
    Hegyi MZ, Gulacsi A, Semsei AF, Cságoly E, Erdelyi D, Szalai C, Kovacs GT.
    European Journal of Cancer 2011: 47, S287
  • Lack of evidence for association of two functional SNPs of CHI3L1 gene (HC-gp39) with rheumatoid arthritis. 
    Srivastava SK, Antal P, Gál J, Hullám G, Semsei AF, Nagy G, Falus A, Buzás EI.
    Rheumatol Int. 2011 Aug;31(8):1003-7.
  • Good prognosis of localized osteosarcoma in young patients treated with limb-salvage surgery and chemotherapy. 
    Hegyi M, Semsei AF, Jakab Z, Antal I, Kiss J, Szendroi M, Csoka M, Kovacs G.
    Pediatr Blood Cancer. 2011Sep;57(3):415-22.  

 

2010

  • Meta-analysis of adrenocortical tumour genomics data: novel pathogenic pathways revealed.
    Szabó PM, Tamási V, Molnár V, Andrásfalvy M, Tömböl Z, Farkas R, Kövesdi K, Patócs A, Tóth M, Szalai C, Falus A, Rácz K, Igaz P. 
    Oncogene. 2010 May 27;29(21):3163-72; doi:10.1038/onc.2010.80; IF.: 7.216
  • Variation in CDKN2A at 9p21.3 influences childhood acute lymphoblastic leukemia risk. 
    Sherborne AL, Hosking FJ, Prasad BR, Kumar R, Rolf Koehler R, Vijayakrishnan J… Szalai C, Semsei AF, Erdelyi DJ, et al.
    Nat Genet. Epub 2010 May 9; DOI 10.1038/ng.585; 2010: 42; 492-494. IF.: 30.259
  • Triglyceride-mediated pathways and coronary disease: collaborative analysis of 101 studies. 
    Triglyceride Coronary Disease Genetics Consortium (Szalai C et al) and Emerging Risk Factors Collaboration.
    Lancet. 2010 May 8;375(9726):1634-9. IF.: 28.409
  • Az asztma genomikai háttere. 
    Szalai C.
    Lege Artis Medicine 2010:20(12).
  • Strengths and weaknesses of gene association studies in childhood acute lymphoblastic leukemia. 
    Semsei AF, Antal P, Szalai C.
    Leuk Res. 2010: 34:269-271. IF.: 2,483
  • Genetikai alapok. 
    Szalai Cs.
    In: Atherosclerosis (szerk.: Császár Albert); Medicina Kiadó; 2010: pp 139-160.
  • Examination of GST and CCR5 gene polymorphisms in children with acute lymphoid leukemia in Hungarian population 
    Csorba O, Semsei AF, Erdélyi DJ, Barabás E, Vángor MS, Schermann G, Hadadi E, Szalai C.
    Ejc Supplements 2010: 8 (5), 18-18
  • ABCC1 polymorphisms in antracycline induced cardiotoxicity in childhood acute lymphoblastic leukemia 
    Semsei A, Erdelyi DJ, Ungvari I, Csagoly E, Hegyi M, Csorba O, Falus A, Szalai C.
    Ejc Supplements 2010: 8 (5), 71-71.
  • Clinical importance of GGH− 401C> T and the RFC1 A (80) G polymorphism in children with osteosarcoma 
    Hegyi MZ, Semsei AF, Csagoly E, Erdelyi D, Szalai C, Kovács G. 
    Ejc Supplements 2010: 8 (5), 68-68

 

2009

  • Gene expression profiling of experimental asthma reveals a possible role of paraoxonase-1 in the disease. 
    Tölgyesi G, Molnár V, Semsei ÁF, Kiszel P, Ungvári I, Pócza P, Wiener Z, Komlósi ZI, Kunos L, Gálffy G, Losonczy G, Seres I, Falus A, Szalai C.
    Int Immunol. 2009 Aug;21(8):967-75. Epub 2009 Jun 25. IF.: 3,290
  • Genomika a mai modern gyógyszerkutatásban I. rész. 
    Szalai Cs.
    Gyógyszerészet 2009;53:331-337.
  • Genomika a mai modern gyógyszerkutatásban II. rész. 
    Szalai Cs.
    Gyógyszerészet 2009;53:391-396.
  • Evaluation of methods in GA studies: yet another case for Bayesian network. 
    Hullám G, Antal P, Szalai C, Falus A. 
    Machine Learning in System Biology 2009 (MLSB09), Proc. of the Third International Workshop, 2009: 35-44.
  • A bioinformatic platform for a Bayesian, multiphased, multilevel analysis in immunogenomics. 
    Antal P, Millinghoffer A, Hullam G, Hajós G, Szalai C, Falus A.
    In D.R.Flower M.N.Davies, S.Ranganathan, editor, Bioinformatics for Immunomics, pp 157-185. –. Springer. 2009.
  • Allergiás kórképek genetikai vonatkozásai. 
    Szalai Cs.
    In. Gyakorlati allergológia (szerk. Temesvári Erzsébet és Kárpáti Sarolta); Semmelweis Kiadó; 2009: pp. 339-354.
  • Influence of the GGH− 401C> T and the RFC1 A (80) G polymorphism on methotrexate toxicity in children with osteosarcoma 
    Hegyi MZ, Semsei AF, Cságoly E, Bácsi K, Erdélyi D, Szalai C, Kovacs GT. 
    European Journal of Cancer Supplements 2009: 7 (2), 224

 

2008

  • Synergistic interaction of ABCB1 and ABCG2 polymorphisms predicts the prevalence of toxic encephalopathy during anticancer chemotherapy. 
    Erdélyi DJ, Kámory E, Csókay B, Andrikovics H, Tordai A, Kiss C, Semsei AF, Janszky I, Zalka A, Fekete G, Falus A, Kovács GT, Szalai C.
    Pharmacogenomics J. 2008 8: 321-327. IF.: 5,435
  • Association of some rare haplotypes and genotype combinations in the MDR1 gene with childhood acute lymphoblastic leukaemia. 
    Semsei AF, Erdélyi DJ, Ungvári I, Kámory E, Csókay B, Andrikovics H, Tordai A, Cságoly E, Falus A, Kovács GT, Szalai C.
    Leukemia Res. 2008 Aug;32(8):1214-20.IF.: 2,483
  • Asthma from a pharmacogenomic point of view. 
    Szalai C, Ungvári I, Pelyhe L, Tölgyesi G, Falus A.
    Brit J Pharmacol.2008 Apr;153(8):1602-14. IF.: 4,902
  • A Bayesian View of Challenges in Feature Selection: Multilevel Analysis, Feature Aggregation, Multiple Targets, Redundancy and Interaction. 
    Antal P, Millinghoffer A, Hullám G, Szalai C. Falus A.
    JMLR W&P 2008: 4:74-89.
  • Az MCP-1 G/A és a T-bet C/G polimorfizmusok vizsgálata primer Sjögren-szindrómában és SLE-ben. 
    Kovács A, Koncz Á, Endreffy E, László A, Petri I, Eller J, Szalai C.
    Magyar Immunológia 2008;7(1-2): 30-36.
  • Human tumor necrosis factor alpha gene polymorphism in Hungarian patients with primary Sjörgen syndrome. 
    Kovács A, Koncz Á, Szalai C, Petri I,  László A,  Endreffy E.
    Magyar Immunológia 2008;7(4): 12-17.

 

2007

  • Az asztma genomikája és farmakogenomikája. 
    Nagy A, Szalai C.
    Gyermekgyógyászat. 2007;58: 124-129.
  • Frequency of carriers of 8.1 ancestral haplotype and its fragments in two Caucasian populations. 
    Kiszel P, Kovacs M, Szalai C, Yang Y, Pozsonyi E, Blasko B, Laki J, Prohaszka Z, Fazakas A, Panczel P, Hosszufalusi N, Rajczy K, Wu YL, Chung EK, Zhou B, Blanchong CA, Vatay A, Yu CY, Fust G. 
    Immunol Invest. 2007;36(3):307-19. IF.: 1,276
  • The HLA 8.1 ancestral haplotype is strongly linked to the C allele of -429T > C promoter polymorphism of receptor of the advanced glycation endproduct (RAGE) gene. Haplotype-independent association of the -429C allele with high hemoglobinA1C levels in diabetic patients. 
    Laki, J.Kiszel, P.Vatay, A.Blaskó, B. Kovács, M. Körner, A. Madácsy, L. Blatniczky, L. Almássy, Z. Szalai C, Rajczy, K. Pozsonyi, E. Karádi, I. Fazakas, A. Hosszúfalusi, N. Pánczél, P. Arason, G.J. Wu, Y.-L. Zhou, B. Yang, Y. Yu, C.-Y. Füst, G.
    Molecular Immunology Volume 44, Issue 4, January 2007, Pages 648-655  IF.: 4,768
  • CCR5Δ32 mutation, Mycoplasma pneumoniae infection and asthma. 
    Ungvári I, Tölgyesi G, Semsei AF, Nagy A, Radosits K, Keszei M, Kozma G, Falus A, Szalai C.
    J Allergy Clin Immunol. 2007 Jun;119(6):1545-7. Epub 2007 Apr 18, IF.: 8,829.
  • Chlamydophila pneumoniae infection status is dependent on the subtypes of asthma and allergy.
    Nagy A, Keszei M, Kis Z, Budai I, Tölgyesi G, Ungvári I, Falus A, Szalai C.
    Allergy Asthma Proc 2007;28:58-63. IF.: 0.763
  • The effects of transporter gene polymorphisms on the immunosuppressive   effects of chemotherapy in childhood acute lymphoblastic leukemia (ALL).
    Kovacs GT, Erdelyi DJ, Semsei A, Kamory E, Csoka M, Tordai A, Szalai C.  
    BLOOD REVIEWS. 2007;21:S67.
  • Imbalance of the C4A and C4B genes dosage as a robust risk factor for premature cardiovascular disease morbidity and mortality 
    G Füst, M Sasvári, B Blaskó, C Szalai, R Ádány, C Yu, GJ Arason.
    Molecular Immunology 2007: 44 (1), 173.

 

2006

  • The role of ABC-transporter gene polymorphisms in chemotherapy induced immunosuppression, a retrospective study in childhood acute lymphoblastic leukaemia. 
    Erdelyi DJ, Kamory E, Zalka A, Semsei AF, Csokay B, Andrikovics H, Tordai A, Borgulya G, Magyarosy E, Galantai I, Fekete G, Falus A, Szalai C, Kovacs GT. 
    Cell Immunol. 2006 Dec;244(2):121-4. IF.: 1,709
  • Genomic strategies in pharmacology of asthma and autoimmunity. 
    Szalai C, Buzás E, Fülöp AK, Kőhidai L, Falus A.
    Anti-Inflammatory & Anti-Allergy Agents in Medicinal Chemistry. 2006;5:383-399.
  • Involvement of TNFa-308A promoter polymorphism in the development of asthma in children infected with Chlamydophila pneumoniae. 
    Gergely Tölgyesi, Márton Keszei, Ildikó Ungvári, Adrienne Nagy, András Falus, Csaba Szalai. 
    Pediatr Res. 2006 Nov; 60(5):543-8. IF.: 2,875
  • Az asztma farmakogenomikája, jelen és perspektíva, összefoglaló közlemény. 
    Szalai C, Tölgyesi G, Nagy A, Falus A.
    Orv Hetil. 2006 Jan 29;147(4):159-69.
  • C4BQ0, EGY GÉNVARIÁNS, AMELY JELENTŐSEN CSÖKKENTI AZ ESÉLYT AZ EGÉSZSÉGES ÖREGKOR MEGÉLÉSÉRE. 
    Füst György, Kramer Judit, Kiszel Petra, Blaskó Bernadette, Szalai Csaba, Gudmundur Johann Arason, Chack Yung Yu .
    Magyar Tudomány, 2006/3 266. o.
  • Pediatric asthmatic patients have low serum levels of monocyte chemoattractant protein-1.
    Márton Keszei, Adrienne Nagy, Gergely T Kozma, Károly Radosits, Gergely Tölgyesi, András Falusand Csaba Szalai:
    J Asthma  2006 Jun-Jul;43(5):399-404. IF.: 1.476
  • Rendszerszemléletű biológia: a jövő orvosbiológiai kutatási paradigmája; az immungenomika példája kapcsán. 
    Falus A, Molnár MJ, Szalai C.
    Orvosképzés 2006;1:3-10.
  • Az allergia genomikája. 
    Szalai Cs.
    In: Fejezetek a genom-léptékű biológiából és orvostudományból (szerk. Falus A) Semmelweis Kiadó 2006: pp. 349-360.
  • A genom számítógépes vizsgáló módszereinek alapjai
    Szalai Cs.
    In: Fejezetek a genom-alapú biológiából és orvostudományból (szerk. Falus A.) Semmelweis Kiadó 2006: pp. 9-15

 

2005

  • Az asztma genomikai háttere. 
    Szalai Csaba:
    Magyar Tudomány. 2005;6:700-7.
  • Az atópiás légúti betegségek genomikai háttere. 
    Szalai Cs.
    In: Légúti allergológia. Asztma és társbetegségei. (szerk. Herjavecz Irén). Melania Kiadó. 2005: pp.17-34.
  • Genomic investigation of asthma in human and animal models. 
    Szalai C.
    In: Immunogenomics and Human Disease. (Ed. Falus A) John Wiley & Sons Ltd. London. 2005; pp. 419-441. 
  • The MHC II (HLA) and III (TNFa) genotypes in type 1 diabetic children and their relatives.
    Vatay, A; Pozsonyi, E; Rajczy, K; Laki, J,  Fust, G,  Blatniczky, L,  Almassy, Z,  Andrasi, K,  Szalai, C,  Karadi, I,  Romics, L,  Panczel, P.
    GENES AND IMMUNITY, 6: S34-S34 Suppl. 1 APR 2005

 

2004

 

2003

 

2002

 

2001

 

Kongresszusok

 

Semmelweis Egyetem PhD Tudományos Napok 2009 
2009. március 30-31. Budapest SE NET

  • Ágnes F. Semsei, Dániel Erdelyi, Ildikó Ungvári, Edit Cságoly, Márta Z. Hegyi, András Millinghoffer, Gábor Hullám, Péter Antal, András Falus, Gábor Kovács, Csaba Szalai: The role of ATP-binding cassette transporter polymorphisms on antracycline induced cardiotoxicity in childhood acute lymphoblastic leukemia

  

MTA 2009. évi közgyűléséhez kapcsolódó tudományos előadás
MTA Székház, 2009. május 6.

  • Szalai Csaba: Asthma genomika

  

Human Genome Variation Society, Human Variome Project, Towards Establishing Standards
22nd May 2009, Vienna, Austria

  • P.Antal, G. Hajós, G.Hullám, A.Millinghoffer C. Szalai and A. Falus:Adaptive Sequential Partial Genome Screening Studies: a Case Study in Asthma

 

Allergy & Asthma Symposium: Bridging Innate and Adaptive Immunity
May 28-29, 2009 Bruges, Belgium

  • Petra Sz. Kiszel, Ágnes F. Semsei, Ildikó Ungvári, Adrienne Nagy, Márta Széll, Béla Melegh, Péter Kisfali, Péter Antal, Gábor Hullám, András Falus, Csaba Szalai: Screening for susceptibility genes of asthma on chromosome 11 and 14

 

Genetikai Műhelyek Magyarországon
MTA Szegedi Biológiai Központ; Szeged, Temesvári krt. 62. 2009. szeptember 11. 

  • F. Semsei Ágnes, Sz. Kiszel Petra, Erdélyi Dániel, Ungvári Ildikó, Hegyi Márta, Cságoly Edit, Falus András, Kovács Gábor, Szalai Csaba:Genomikai és farmakogenomikai kutatások gyermekkori asztma és akut limfoid leukémia területén, valamint az SNP Core Facility bemutatása

  

Machine Learning in System Biology 2009 (MLSB09)
Sept 5-6, Ljubljana, Slovenia

  • P. Antal, A. Millinghoffer, C. Szalai, A. Falus: On the Bayesian applicability of graphical models in genome-wide association studies.
  • G. Hajós, P. Antal, Y. Moreau, C. Szalai, A. Falus: Variable Pruning in Bayesian Sequential Study Design.
  • P. Antal, P. Sárközy, Z.Balázs, P. Kiszel, A. Semsei, C. Szalai, A. Falus:Averaging over measurement and haplotype uncertainty using probabilistic genotype data.

 

ECCO15-ESMO34 Congress
2009 szeptember 20-24 Berlin, Németország

  • Márta Z. Hegyi, Ágnes F. Semsei, Edit Cságoly, Krisztián Bácsi, Dániel Erdélyi, Csaba Szalai, Gábor Kovacs Influence of the GGH -401C>T and the RFC1 A(80)G polymorphism on methotrexate toxicity in children with osteosarcoma

 

PHARMACOGENOMICS & PERSONALIZED MEDICINE
September 12 - 15, 2009, Wellcome Trust Conference Centre, Hinxton, UK

  • Ágnes F. Semsei, Dániel Erdélyi, Ildikó Ungvári, Edit Cságoly, Márta Z. Hegyi, András Millinghoffer, Gábor Hullám, Péter Antal, András Falus, Gábor Kovács, Csaba Szalai: The role of ATP-binding cassette transporter polymorphisms on antracycline induced cardiotoxicity in childhood acute lymphoblastic leukemia

 

2nd Central European Congress on Obesity
1st-3rd October 2009, Budapest

  • Csaba Szalai, Ágnes F. Semsei, Ildikó Ungvári, Petra Kiszel, Péter Antal, András Falus. Investigation of the genomic background of obesity using single nucleotide polymorphism analysis in candidate genes
  • K. Éder, I. Likó, A. Falus. Obesity related mRNA and miRNA profiling

  

Sarasota splash: Update in Biomedical and Clinical Sciences The Helmsley Sandcastle Hotel Sarasota, Lido Beach Florida 41st Annual Scientific Meeting of HMAA
October 25 - October 30, 2009   

  • Csaba Szalai, Gergely Tölgyesi, Viktor Molnár, Ágnes F. Semsei, Petra Kiszel, Péter Pócza, Zoltán Wiener, Zsolt I. Komlósi, Gabriella Gálffy, László Kunos, György Losonczy, András Falus: Gene expression profiling of experimental asthma reveals a possible role of paraoxonase-1 in the disease
  • Peter Antal, G. Hullam, Cs. Szalai, A. Falus: A "Bayesian Tour" from Study Design through Data Analysis to Clinical Decision Support

 

Late Effects in Cancer Survivors 
2010 március 3-4. Cutler's Hall, Sheffield, UK

  • Dániel J. Erdélyi, Ágnes F. Semsei, Ildikó Ungvári, Edit Cságoly, Márta Hegyi, Péter Masát, Judit Szabolcs, György Fekete, András Falus, Csaba Szalai, Gábor Kovács. Investigation of ABCC1 polymorphisms in anthracycline induced cardiotoxicity in childhood acute lymphoblastic leukemia

 

3rd  HUNGARIAN-SINGAPOREAN WORKSHOP on SYSTEMS BIOLOGY and COMMUNICATION SYSTEMS  
Budapest, March 29-30, 2010

  • Peter Antal, G. Hullam, Cs. Szalai, A. Falus: A "Bayesian Tour" in Omics

  

12th International Paediatric Haematology and Oncology Update Meeting 
Edinborough, UK, 2010 április 29-30.

  • Dániel J. Erdélyi, Ágnes F. Semsei, Ildikó Ungvári, Edit Cságoly, Márta Hegyi, Péter Masát, Judit Szabolcs, György Fekete, András Falus, Csaba Szalai, Gábor Kovács. Investigation of ABCC1 polymorphisms in anthracycline induced cardiotoxicity in childhood acute lymphoblastic leukemia

  

MLDT 55. Nagygyűlése 
Pécs 2010. augusztus 26-28.

  • Szalai Cs., Semsei F. A., Erdelyi D., Csorba O., Vángor M., Falus A., Kovacs G. Investigat ion of ABCC1 polymorphisms in anthracycline induced cardiotoxicity in childhood acute lymphoblastic leukemia
  • Hadadi E., Virag V, Szalai Cs. Investigation of 96 single nucleotide polymorph isms in 47 asthma genes selected from the scientific literature for association with asthma
  • Semsei F. A., Erdelyi D. J, Lautner-Csorba O., Vangor M., Falus A., Kovacs G., Szalai Cs. Genetic polymorphisms in anthracycline induced cardiotoxicity in Pediatric acute lymphoblastic leukemia
  • Csorba O., Semsei F. A., Szalai Cs.  Examination of GS T and CCR5 gene polymorphisms in children with acute lymphoid leukemia in Hungarian population
  • Virag V., Hadadi E., Szalai Cs. SIGNIFICANTLY ALTERED EXPRESSION IN AN ANIMAL MODEL CAUSED BY SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISMS IN 59 GENES HAVE ALSO A ROLE IN HUMAN ASTHMA

 

Magyar Biokémiai Egyesület 2010. évi Vándorgyűlése
Semmelweis Egyetem Elméleti Orvostudományi Központja; 2010. augusztus 25-28.

  • Gézsi A., Antal P., Hajós G., Millinghoffer A., Szalai Cs., Falus A.: Bayesi módszerek felskálázásának vizsgálata teljes genom asszociációs elemzésekben
  • Temesi Gergely, Antal Péter, Szalai Csaba, Falus András, Hajós Gergely, Gézsi András, Sárközy Péter, Marx Péter: Több forrásból származó omikai adatok és információk kiértékelése hibrid tudásbázis technológiával"
  • Antal P., Hajós G., Millinghoffer A., Hullám G., Balázs Z., Gézsi A., Temesi G., Sárközy P., Félné Semsei Á, Ungváry I., Németh Zs., Virág V., Hadadi É., Debreceni G., Kormos K., Lévai P, Szalai Cs., Falus A.: Genagrid bioinformatikai szolgáltatás genetikai asszociációs elemzések támogatására
  • Hajós Gergely, Antal Péter, Szalai Csaba, Falus András: Bayes-háló alapú adaptív kísérlettervezés parciális genomszűrési kísérletekhez
  • Marx, P. Antal, G. Hullám, A. Millinghoffer, Cs. Szalai, A. Falus: Sorrendi fúziós algoritmusok alkalmazása klinikai genomikában
  • Sárközy P., Antal P., Balázs Z., Sasvári M., Szalai Cs., Falus A.: A bizonytalan genotípusos és in silico rekonstruált haplotípusos adatok elemzésének lehetőségei modell átlagolással

  

CSCDA 2010
Leuven (Belgium), 25-27 August 2010

  • Antal, P. Marx, A. Millinghoffer, G. Hullam, I. Ungvary, Cs. Szalai, A. Falus: Bayesian fusion of heterogeneous signs for biomarker and pathway discovery, Capita Selecta in Complex Disease Analysis

 

Magyar Humángenetikai Társaság VIII. kongresszusa 
2010, szept. 2-4, Debrecen

  • P. Antal, P. Sárközy, G. Hajós, Cs. Szalai: Polimorfizmusok kontra ritka variánsok - hipotézismentes

 

Go to top