Menu

Microarray Core Facility

 

A Semmelweis Egyetem Genetikai, Sejt- és Immunbiológiai Intézetében (1089 Budapest, Nagyvárad tér 4. VI. em.) kialakított Microarray Core Facility a Semmelweis Egyetem kutatócsoportjai, illetve külső non-profit és profit orientált kutatóhelyek részére kívánja biztosítani a microarray mérési szolgáltatást, csúcstechnológiai berendezései és szakképzett munkatársai segítségével.

Jelenleg az egy-, illetve kétszínű expressziós microarray, miRNS és a CGH (Comparative Genome Hybridization) mérésekben vállalunk teljes körű szolgáltatást. Ez a szolgáltatás magában foglalja az RNS, DNS minőségi vizsgálatától kezdve az adat normalizálásig valamennyi lépés reagens költségeit, rezsidíját és munkadíját. Egyéb alkalmazások (ChIP-on-Chip) esetén az ún. központi részt tudjuk vállalni, mely a hibridizációtól kezdődik és az adatnormalizálásig tart. Expressziós mérések előtt a felhasználók néhány izolált RNS-mintájának minőségét ingyenesen megvizsgáljuk, hogy a végleges minták elkészítése előtt biztosak lehessünk a használt RNS izolálási technika alkalmazhatóságáról. Amennyiben igény van rá, az RNS minták izolálását is vállaljuk, előzetes egyeztetés alapján.

Felhívjuk figyelmüket, hogy a microarray adatok bioinformatikai elemzése nem része a teljes körű szolgáltatásnak. Az eredmények kiértékelését egyedi megállapodás alapján tudjuk vállalni.

Az alkalmazott Agilent microarray technológia egyszínű, illetve kétszínű mérést is lehetővé tesz. Minthogy a mérés költségei nagyban függnek a technológiától és a kísérleti felállástól, pontos árajánlatot csak a részletek ismeretében tudunk adni. Kérjük, további információért keresse a laboratórium vezetőjét.

 


A laboratórium a következő szolgáltatásokat biztosítja:

  • Előkészítő műveletek: kísérlettervezési konzultáció (minták, kontrollok, dual vs. single color, stb.)-nukleinsav izolálási tanácsadás
  • Expressziós Core Facility műveletek:
    • RNS integritás és tisztaság minőségellenőrzése
    • Expressziós microarray vizsgálat: lineáris amplifikáció + jelölés + hibridizáció + leolvasás 
    • Képpontelemzés (Feature Extraction Software): a mérési adatok normalizálása
  • miRNS microarray:
    • RNS integritás és tisztaság minőségellenőrzése
    • Microarray vizsgálat: amplifikáció + jelölés + hibridizáció + leolvasás
    • Képpontelemzés (Feature Extraction Software): a mérési adatok normalizálása
  • Comparative Genom Hybridization:
    • DNS minőségellenőrzése
    • CGH microarray vizsgálat: jelölés + hibridizáció + leolvasás 
    • Képpontelemzés (Feature Extraction Software): a mérési adatok normalizálása
  • Egyéb microarray alkalmazások: ChIP-on-Chip, -csak a központi részt vállaljuk

A mérési eredmények bioinformatikai elemzése a felhasználó feladata. A core facility bioinformatikai szolgáltatása GeneSpring szoftverrel egyedi megállapodás alapján lehetséges.

 


Fontosabb műszerek:

  • Agilent 2100 Bioanalyzer (RNS, DNS, fehérje mikrokapilláris elektroforézis rendszer)
  • Agilent hibridizációs kályha
  • Agilent Microarray Scanner + Feature Extraction Software (48 lemezes, walk-away, nyitott rendszer, Agilent és egyéb, megfelelő minőségű standard lemezek leolvasására)
  • GeneSpring GX software (Agilent/Silicon Genetics)

 


A Semmelweis Microarray Core Facility rendszerén beállított és jövőbeni alkalmazások:

  • Dual Colour Expression Array
  • Mono Colour Expression Array,
  • CGH
  • miRNA Array
  • ChIP-on-Chip array (Chromatin Immune Precipitation)
  • metilációs array

 


Semmelweis Egyetem Microarray Core Facility elérhetőségek:

 

Név

Beosztás

Telefon

Prof. BUZÁS Edit

intézet igazgató

+36 (1) 210 2929

Dr. SIMON Tünde

laboratórium vezető

+36 (70) 290 4951

 


 

A laboratórium kialakítása, felszerelése 2004-ben saját erőforrások, GVOP pályázati támogatás és a Kromat Kft. beruházásának keretén belül valósult meg. A microarray mérések és az igény szerinti bioinformatikai elemzések kivitelezése a Chromoscience Kft-vel együttműködésben valósul meg.

A Core Facility 2009-ben csatlakozott a NEKIFUT (Nemzeti Kutatási Infrastruktúra Felmérés és Útiterv) projekthez.

 

Ajánljuk az alábbi weboldalakat:
 

Chromoscience Kft.

Agilent Technologies Kromat Kft. Nekifut Regiszter


 


 

Go to top